相传宇宙中有一个灭世邪神——宇宙大帝（Unicron），专门吞噬行星作为能源，所到之处必然伴随着死亡与毁灭。
在电影的开场，宇宙大帝盯上了一颗山清水秀的星球，那里住着一群高智慧的动物机器人“巨无霸”，更重要的是他们手上拥有能够穿越时空的“超曲速钥匙”，有了这件神器他即可以横行无阻，把宇宙万物都毁灭殆尽。
宇宙大帝是1986年《变形金刚大电影》第一个出场的角色，干的第一件事便是把一颗文明高度发达的星球瓦解并吞噬。
《超能勇士崛起》的开场还原了动画中触目惊心的一幕。当巨无霸带着钥匙逃离后，宇宙大帝随即毁灭他们的家园。
巨无霸的前任领袖名叫
圣猿（Apelinq），与擎天圣有着相似的外型。在原作中，巨猿在科学研究领域有着很高的造诣，但他没有领导过巨无霸军团，而是在雷霆拯救队当过指挥官，也曾参与寻找失踪的艾萨龙号飞船（擎天圣所在的科考船）。
宇宙大帝的手下天灾击败圣猿后，把他的巨无霸标志据为己有，不难看出这位大哥是变形金刚标志的收藏爱好者。从他肩膀和载具形态的车头上，可以看到许多不同派别的标志，包括
汽车人、霸天虎、巨无霸、恐惧兽、雇佣兵和雷霆拯救队。
时间来到1994年，男主角诺亚是一个生活在布鲁克林的波多黎各小哥。最近有一个相同出身的少年活跃于大银幕，跑到蜘蛛宇宙里惹了不少麻烦。
为了照顾生病的弟弟，诺亚决定铤而走险，偷车卖钱给弟弟看病。都说命运弄人，可命运也眷顾凡人，诺亚偷的这辆车正好是一个汽车人（幻影）。
另一边，女主角埃琳娜是一名博物馆助理，她的专业能力却十分拔尖，一眼辨文物的戏码让人梦回《古董局中局》。
当她检查一尊古怪的鸟型雕像时，意外发现了隐藏其中的半个超曲速钥匙，密钥激活发出的信号被汽车人接收到，于是擎天柱开始召集散落四处的汽车人同伴。
擎天柱和大黄蜂躲藏在地球上已经有七年之久（七年前的故事可以在《大黄蜂》里重温），一直在寻找回到塞伯坦的方式，而超曲速钥匙正是他们需要的东西。
本集汽车人的阵营中，除了老面孔擎天柱和大黄蜂，还有新加入的幻影、阿尔茜、千斤顶和同温层。
幻影（Mirage）
幻影的身上是有一点反骨在的，但他会始终站在正义的一方。
这个特征呼应了他在G1世界观的设定：战争前，幻影是塞伯坦的贵族，平日爱好只有派对和狩猎。但当战争开始，幻影被迫选择立场时，他却对汽车人和霸天虎之间的斗争冷眼旁观。他还经常质疑汽车人的暴力手段，并公开地希望他们和霸天虎和睦相处。正因为如此，他被一些人贴上了霸天虎同情者的标签。
尽管如此，他仍然是一名优秀的战士和身怀绝技的间谍。当汽车人需要他时，他总会挺身而出。
影片里展示了幻影分身的技能，而在原作中，他还经常会使用隐形的能力。
幻影在大战中给诺亚穿上了一套变形外衣，虽然看着像钢铁侠，但其实这个形象致敬了动画中的
Exo-Suit。人类父子Spike和Daniel都曾穿上这个动力装甲，利用其战斗和变形的能力，参与汽车人的任务。
据主创透露，电影中幻影的塑造参考了不少经典元素和角色，其中包括迈克尔·贝的
《绝地战警》（保时捷）、兔八哥和
《变相怪杰》中的喜剧元素，以及配音
皮特·戴维森本人。
阿尔茜（Arcee）
阿尔茜是一个能变形为摩托车的女性汽车人，也是变形金刚历史中长期登场的角色之一。电影《变形金刚2》中，阿尔茜与克劳丽娅、艾丽塔三姐妹一起登场。在《大黄蜂》里，阿尔茜在开场的塞伯坦大战中也有短暂露面。
这个角色是为1986年《变形金刚大电影》而创作的，最初的形象借鉴《星球大战》中的
莱娅公主，在头的两边配上了机器人版的“发髻”。
千斤顶（Wheeljack）
千斤顶的造型在真人电影中一直在变化，你甚至没办法找出不同形象之间的相似之处。
在《变形金刚3》中，他是一个神似爱因斯坦的老者；
在《大黄蜂》中，他回归了G1的经典形象（蓝色发光小耳朵）；
在《超能勇士崛起》中，他戴上了“眼镜”，呼应汽车人科学家的身份。
千斤顶是第一代变形金刚故事中最重要的配角之一，也是动画系列中第一个出现的角色（比孩之宝亲儿子大黄蜂还要早），他的身影贯穿了全剧的始终。因此在《变形金刚大电影》中，千斤顶只有一帧死亡画面的安排，引起了很大的争议。
另外还有
同温层（Stratosphere），名副其实的工具人，哪里需要运输，哪里才有他。
钥匙的信号同时引来了天灾和他的部下：夜莺和圈套。
反派一方又称为
恐惧兽（Terrorcons），也就是G1动画中组合成求雨鬼的五个霸天虎。在后续作品中恐惧兽变成了威震天手下的不死军团，而这次在电影里终于成为与巨无霸、原始兽并立的单独派别。
天灾（Scourge）
动画里，天灾是宇宙大帝的产物，他的前身是霸天虎阵营的
惊天雷（Thundercracker）。
在1985年的《变形金刚大电影》中，惊天雷在战斗中身负重伤，全军撤退后被红蜘蛛扔下飞船，一同被抛弃的还有威震天和闹翻天等。众人在太空里飘荡，直到遇见宇宙大帝，被改造成新的形态和身份。
威震天变成了惊破天（Gavaltron），闹翻天变成狂飙（Cyclonus），惊天雷变成天灾（Scourge），其余小兵则变成了天灾属下的扫荡队（Sweeps）。
《超能勇士崛起》中，来自天灾身上的
急冻怪（Freezer）就是他的扫荡队。
电影中没有讲述天灾的起源，但惊天雷却曾在前作里登场。在《大黄蜂》中，惊天雷出现在开头的赛博坦大战中，下一秒即被汽车形态的大黄蜂一下撞飞。
G1动画中，天灾的载具形态多为巡航飞艇，而且他的机器人头部会在机身上直接露出，活像一只探头的小狗，显得特别滑稽。
而电影里的卡车形象则借鉴了动画《变形金刚：汽车人战记》（TF2000）。在这部作品中，天灾有不同的起源故事：由于惊劫天（威震天）在给原生体扫描一辆油罐车作为载具形态时，同时扫描进了在场的擎天柱，因此诞生的原始兽有着与擎天柱相似的外形。
夜莺（Nightbird）
动画中夜莺是一个由人类制造的机器人，也是变形金刚历史上第一个女性机器人（尽管她不具备变形能力）。
夜莺最初出现在G1动画第二季第10集
“Enter the Nightbird”，名字看着有点污（直译为“进入夜莺”），实际上这一集的名字取自1981年美国电影《忍者大决斗》（Enter the Ninja），影射了夜莺的忍者形象与能力。
夜莺由日本科学家藤山博士创造，但出世没多久就被威震天抢走，并被改造成霸天虎的一员。夜莺第一次出任务便展示了超凡的能力，一人对付多个汽车人不在话下，连威震天都对她赞不绝口，于是发生了以下对话：
红蜘蛛："She's not so hot."
威震天："She's hot enough to replace you whenever I choose!"
嫉妒让人面目全非，红蜘蛛在得知自己地位不保后怒火中烧，当场给了领导威震天一拳。后来更跑到战场上偷袭夜莺，使得汽车人扭转败局（红蜘蛛常干这种事，因此获得民间称号“荣誉汽车人”）。
G1故事结束后，夜莺在后续漫画中偶有出场。在比较有趣的一篇里，讲述威震天把夜莺当成机器人女仆向公众发售。为了防止她制造麻烦，威总在她的程序里设置了笨手笨脚的特性，这让顾客们觉得很可爱，因此商品得到了量产。结果夜莺的克隆体很快失去了控制，开始在东京大暴走，但顾客居然还是觉得这很卡哇伊，于是夜莺得以继续在市场上销售。
感受一下，你顶得住吗？
虽然这是夜莺第一次在真人电影里出现，但早在《大黄蜂》中，女性机器人“粉碎”（Shatter）的形象就是以G1夜莺为设计灵感的。
圈套（Battletrap）
圈套在G1动画中由两个独立的机体组成（分别变形成吉普车和直升机），属于二合一战士（Duocon）。喜欢在战斗中设置陷阱夹击敌人，从中获得乐趣。
汽车人与恐惧兽在博物馆进行激战，最终半块钥匙被夜莺抢走，大黄蜂也被天灾重创。也许是因为电影中已经有幻影这样一个嘴贫的角色，所以干脆先让大黄蜂歇一歇。
大黄蜂在遭受致命一击前，说了一句
“哦，船长，我的船长！”（O Captain! My Captain!），相信看过电影
《死亡诗社》的观众都会记得这句著名的诗句。
实际上，大黄蜂由于声带系统受损，只能通过车载收音机截取广播内容来表达自己的意思，因此影片中大黄蜂的台词均来自于各种影视作品：
比如刚出场的时候：
"Yippee-Ki-Yay Motherf****r!"（最后一个词没说全），来自
《虎胆龙威》（1988）。
在仓库里看见诺亚的时候：
"Well, well, what have we got here? "，来自美剧
《欢乐时光》（1974）。
看到超曲速钥匙的全息影像时：
"What the hell am I looking at? "，来自
《太空炮弹》（1987）。
当擎天柱提到人类时：
"They are my friends."，来自
《星际旅行4：抢救未来》（1986），说这句话的是
伦纳德·尼莫伊，也就是动画大电影中的惊破天（配音），以及《变形金刚3》中的御天敌（配音）。
反对擎天柱对人类的评价时：
"You can't handle the truth!"，音频来自美剧
《宋飞正传》第五季（1993）。原话出自电影
《好人寥寥》（1992），是由杰克·尼科尔森演绎的经典台词。
在最终大战从天而降后：
"I have come here to kick ass."，出自电影
《极度空间》（1988）。
从其中某些词汇可以看出，擎天柱不让大黄蜂去汽车影院是有道理的。
电影中还提到了许多九十年代以前的影视元素，包括：诺亚和弟弟互称“索尼克”和“小狐狸”（
《刺猬索尼克》）。弟弟安慰诺亚时，引用了
超人面试失败的经历。汽车广播提到
马克·沃尔伯格退出乐坛，投身影视界，这一年正是1994年。这个人后来还主演了《变形金刚5：最后的骑士》。幻影提到了电影
《长大》（也叫《飞越未来》，汤姆·汉克斯主演的电影）和
《E.T.外星人》，后者的导演史蒂文·斯皮尔伯格也是变形金刚电影的制片人。诺亚进入神庙后提到
《夺宝奇兵》，也是斯皮尔伯格的电影。幻影喊擎天圣为“
金刚”，毕竟他是唯一名副其实的变形“金刚”。
正当汽车人快要被剿灭时，一头巨鹰神兵天降喷火救场。在埃琳娜分析出另一半钥匙的位置后，众人决定前往秘鲁。终于，电影的重点角色（至少在标题中）——超能勇士终于要崛起了。
以擎天圣为首的野兽小队名叫巨无霸（Maximals），出自1996年由美国孩之宝出品的动画《Beast Wars: Transformers》，国内译为《变形金刚：超能勇士》。
电影中，飞箭提到巨无霸是汽车人的
“过去与未来”。在场的汽车人似乎没有深究下去的意愿，但实际上这句话揭示了一个大秘密。
如果电影沿用动画的设定，那么
巨无霸和原始兽正是来自未来三百年后汽车人和霸天虎的后代。因为时间穿越，两派的一部分成员被滞留在史前地球上，他们发现星球上有大量的能量体，其辐射会让他们的身体系统无法承受，使得他们选用当地动物作为变形形态，利用有机的皮肤保护他们的机器人身体。
电影中，由擎天圣领导的巨无霸小队，成员分别有黄豹、犀牛和飞箭。
擎天圣（Optimus Primal）
动画中，擎天圣是巨无霸小队的领袖，为了追捕以霸王龙为首的犯罪团伙原始兽，带领自己的部下（后来的黄豹、犀牛和老鼠）来到史前地球。
擎天圣原本是一艘探索飞船的舰长，最初的使命为前往无垠宇宙，勇踏前人未至之境。如果没有变成猩猩，他可能就是变形金刚系列的柯克船长了。
除了名字和领导能力，擎天圣还继承了擎天柱的口头禅
"Roll out!"（出发！）。在电影最终大战前，两派领袖站在山头上，一同喊出了这句著名台词。
黄豹（Cheetor）
动画里，黄豹在巨无霸小队的定位与大黄蜂类似，年轻且不谙世事，有着活泼、冲动、鲁莽的个性，在多次战斗中逐渐成长，最终成为稳重可靠的巨无霸战士。
黄豹在刚化身为豹子时，对获得的超快速度感到非常兴奋，不顾队长的劝阻冲到野外自由奔跑，把路上的野生豹子吓得够呛。
犀牛（Rhinox）
动画里，犀牛是队伍里的科学家，巨无霸经常会利用他的发明对付敌人并取得胜利。犀牛个性沉稳，遇事冷静，始终是巨无霸小队里最可靠的成员。
飞箭（Airazor）
动画中，飞箭是巨无霸小队的侦察兵，性格略显敏锐尖刻，与同为侦察兵的白虎互生情愫。
电影里的飞箭由杨紫琼配音，要知道，她曾经就是飞鹰女侠啊！
动画里，巨无霸的原始成员还有一位
老鼠勇士（Rattrap），队伍里的搞笑担当，但也是有勇有谋的战士，多次凭借灵活的思维拯救巨无霸于危难之中。据导演透露，电影中没有加入老鼠的原因是角色太多了，然而这个角色仍有可能在未来续集里出现。
在电影的最后，人类与汽车人联手，破坏了超曲速钥匙，宇宙大帝仅吃了一口灰便扫兴而归。
当然，这种级别的反派未来必定会卷土重来，汽车人与巨无霸也终有一天要直面这个强大的对手。
虽然真人电影往往不会照搬原作的设定，但关于宇宙大帝后续的故事也许能从《变形金刚大电影》中找到一丝线索。
动画中，在汽车人与霸天虎的殊死战斗后，宇宙大帝遇到了流浪太空的威震天和其它几个受伤的霸天虎，并将他们改造成更强大的惊破天、天灾、狂飙和扫荡队，条件是惊破天帮助宇宙大帝夺取汽车人的领导模块。这个领导模块存在于汽车人领袖的体内，擎天柱临死前将其交给了通天晓。
然而惊破天从通天晓手上夺得领导模块后，没有轻易上缴，而是企图以此控制宇宙大帝。宇宙大帝被逗乐了，笑说你对我的力量一无所知，随机变形成为机器巨人，开始对塞伯坦星球大肆破坏，还将惊破天吞入了体内。
最终，进入宇宙大帝体内的热破从惊破天手上夺回领导模块，并释放其中的力量，炸毁了宇宙大帝的身体，而他仅存的头部漂流在太空之中，变成了塞伯坦的一颗卫星。
《变形金刚大电影》中为宇宙大帝配音的是
奥逊·威尔斯，这位好莱坞传奇人物因执导并主演《公民凯恩》而广为人知。在给宇宙大帝配音时，老威尔逊的身体情况已不太乐观，他用一天时间完成了全部配音工作，而这部影片也成为了他最后一部参与的电影。在完成配音的五天后（1985年10月10日），奥逊·威尔斯去世，享年70岁。
宇宙大帝的起源在各个世界观中有不同的版本，有的说他是由至尊太君（Primacron）创造的，有的说他在宇宙之初已经是神一样的存在，还有的说他就是地球的核心。
后来，“宇宙大帝藏身地球”的设定被真人电影《变形金刚5：最后的骑士》沿用，在该片的结尾中，宇宙大帝标志性的尖角出现在沙漠之上。
另外，在天灾的口中可以得知
元始天尊（Primus）的存在。如果宇宙大帝代表的是黑暗，那元始天尊就是光明的化身。
元始天尊是变形金刚宇宙的创世神和塞伯坦星球的化身，他创造了创世十三祖，也是天灾提到的Primes。十三组进而繁衍出后世的变形金刚，据说擎天柱便是第十三个Prime的化身。
影片的结尾，诺亚从秘鲁回到布鲁克林，去面试一个安保的工作。让他惊讶的是，面试官对他的身份、背景、以及与汽车人和巨无霸之间发生的一切都了如指掌。
面试官告诉诺亚，漫长的战争还在进行中，他邀请诺亚加入自己所在的秘密政府机构，这时诺亚举起对方的名片，上面赫然写着——
特种部队（G.I.Joe）！
关于变形金刚和特种部队在同一宇宙的设定，其实早就有过规划，毕竟它们都是孩之宝旗下的两大品牌。在1987年，漫威推出了
《G.I. Joe and the Transformers》这部联名漫画，确定两个系列存在于同一平行宇宙，分别是漫威的Earth-91274，和变形金刚的Primax 984.0 Gamma。
直到1994年漫威失去两个系列的版权，最终特种部队由出版社Devil's Due接手，而变形金刚则落在Dreamwave手上。两家出版社都不约而同地无视版权，推出两者的合作故事。
如今，两大品牌终于要在真人电影中联手，等不及后续故事发展的观众不妨可以从漫画入手一探究竟。
除此之外，电影在短暂的字幕后还有一个彩蛋。
彩蛋中，诺亚正在修理大战中损坏严重的汽车人“幻影”。黑人小哥打赌眼前的破车根本无法启动，结果幻影随即变身为机器人形态。
可以这么说，这个片段相当于漫威电影里的
"Mirage will return"。
